В кінці червня 1993 року ректором Кіровоградського державного педагогічного інституту імені О.С. Пушкіна професором Полярушем Олегом Євгеновичем було оголошено про поступове створення нового факультету. Кандидата географічних наук, доцента Кривульченка Анатолія Івановича та кандидата хімічних наук, доцента Лопатенко Лілію Михайлівну було зобов’язано при педагогічному факультеті та факультеті фізичного виховання здійснити роботу з підготовки до набору студентів на нові спеціальності, якими повинні були бути: “Географія та англійська мова” та “Біологія і хімія”. Проте з 8 вересня 1993 року спеціальність “Біологія і хімія” була замінена на “Хімія і біологія”.

З 1 вересня 1994 року природничо-географічний факультет стає самостійною адміністративною одиницею (декан – кандидат педагогічних наук, доцент Рацул Анатолій Борисович). На факультеті працювала лише одна кафедра – природничо-географічних дисциплін (завідувач кафедрою – кандидат географічних наук, доцент Кривульченко А.І.).

Історія кафедри біології бере початок власне з цієї кафедри, тому що згодом були створені дві кафедри: хімії і біології (завідувач кафедрою – доктор біологічних наук (Республіка Молдова), доцент Гулай Володимир Іванович) та географії (завідувач кафедри – кандидат геолого-мінералогічних наук, доцент Вовк Валентин Михайлович). Відмежування біологічних дисциплін від хімічних в організаційному плані відбувалося поступово по мірі збільшення чисельності викладачів вищої кваліфікації.

Згідно наказу №25-УН по КДПУ ім. В.Винниченка на підставі рішення Вченої ради університету (від 26 червня 2000 року, прокол №11) кафедра хімії і біології була поділена на дві кафедри: зоології та екології (завідувач кафедри – Гулай В.І.), хімії та ботаніки (в.о. завідувача кафедри – кандидат сільськогосподарських наук, старший науковий співробітник Мазур Всиль Євгенович; з 29 квітня 2002 року завідувачем кафедрою обрано доктора сільськогосподарських наук (Російська Федерація), професора Данилківа Ярослава Нестеровича).

За рішенням вченої ради природничо-географічного факультету про реструктуризацію факультету (протокол №1 від 27 серпня 2003 року) і за наказом №77-УН від 1 вересня 2003 року по КДПУ ім. В.Винниченка, що відображав згоду Вченої ради університету, припинено діяльність трьох кафедр факультету, а організовано три кафедри: географії та геоекології; хімії; біології.